A Farmácia Hospitalar é uma unidade clínica e administrativa, dirigida por um farmacêutico, ligada hierarquicamente à direção clínica do hospital, além de estar integrada funcionalmente com as demais unidades hospitalares.
  
Tem como principal objetivo a assistência do paciente, fornecendo sempre medicações seguras e de qualidade. Visa, ainda, o uso racional dos medicamentos proporcionando com isso a otimização dos gastos.

A Farmácia Hospitalar desenvolve atividades ligadas a aquisição de materiais e medicamentos, controle de qualidade dos mesmos, armazenamento destes produtos em condições adequadas e a sua posterior dispensação e distribuição às unidades.

A equipe da Farmácia do HCS é composta por sete colaboradores, sendo:

01 Farmacêutica
06 Auxiliares de Farmácia

A Farmácia do HCS permanece aberta 24 horas.